臺灣南端恆春半島上有18個番社，1871年殺害琉球漂民的為高士佛社，勢力最強大的則為牡丹社，日軍因此將兩番社視為主要的攻擊目標。日軍一開始採和平談判的方式先安撫其他的16個番社，並保證只要不提供任何援助給兩社，日本將會保護他們的安全。（圖3）1874年5月22日，日本軍隊在恆春半島的四重溪與牡丹社人展開激戰。不到幾天內，通往牡丹社和高士佛社的最後天然隘口「石門」被日軍攻破，迫使兩社投降。

圖3：原住民族接受日方表揚品
（圖像來源：《台湾蕃界展望》，中研院臺史所檔案館數位典藏）