清廷對臺灣的管理，始終是處於防備而非治理的狀態。在清帝國的統治下，臺灣沒有一個統籌全島事務的中央管理單位，而是被規劃在福建省底下的行政單位。在官員的任用上，是自中國指派官員來臺，這些被指派的官員，任期平均約2年半，對於理解臺灣的整體狀況十分有限，若要統籌治理全島事務更是難上加難。

日方在前美國駐廈門領事李仙得（Charles W. Le Gendre）的協助下，得以了解清廷對臺灣「生番」治理的態度，在動員到臺灣進行偵查後，隨即展開行動。李仙得曾在1867年時處理美國商船羅發號船員被原住民族殺害一事，非常清楚清廷在治理臺灣「生番」活動的區域上有所侷限，因此建議日本採用西方國家外交談判的手段，以取代中國在亞洲的地位並防禦西方。此外，日本自明治維新後，政府為了安撫日本國內出征韓國未果的不滿情緒和替200多萬失意的藩兵找尋出路，藉由琉球漂民事件的發生，促使征韓的計畫轉向進軍臺灣。