1945年8月二戰結束，隨著政權轉移，臺灣史研究由殖民地的學術系譜轉為中國地方史研究之一環。1949年政府頒布戒嚴令施行威權統治，致使人民集會、結社、言論與出版等權利均遭剝奪。1986年解嚴前夕，中研院張光直院士號召推動臺灣史田野研究計畫，1988年轉為常態性單位「臺灣史田野研究室」，致力蒐集臺灣史料，臺灣史終於正式進入最高學術殿堂。1993年總統府核准設置籌備處，2004年正式成所，中研院臺史所成為國內外最具代表性之臺灣史學術研究機構。

圖9：1988年張光直院士主持臺灣史田野研究計畫工作會報
資料來源：相冊（一），《臺史所檔案》，1988年，中研院臺史所檔案館數位典藏。

圖10：2004年中研院臺史所成所典禮
資料來源：臺灣史研究所成所典禮，2004年，「邁向卓越–中央研究院院史網」。

臺史所走過三十年華之成長積累，在重視科際整合之今日，秉持歷史敍事傳統及史料考證技藝等歷史學之看家本領，重建臺灣歷史演變之形貌。臺史所設置社會經濟、殖民地、族群、文化、環境、海洋等六大研究群，共同發展基礎學科、區域比較及科際整合研究，於史料挖掘、研究課題開發、專業人才培育、國際學術交流等面向，累積豐碩成果，可從「族群與區域」、「社會與經濟」、「殖民與文化」、「環境與疫病」等主題，呈現臺灣史學術研究成果與特色檔案典藏。
 

臺灣島嶼先後曾有許多人群進出，並與周邊海域的人群往來互動，加上島內空被山脈區隔，多條東西走向的河流阻隔南北交通，造成差異極大的生態環境，使島上的人群結構、自然環境及社會發展，呈現多元分立、相互影響共生的複雜形勢。隨著時間推進，歷史的進程亦形塑出島內多群的社會與文化樣態。

圖11：1760年（乾隆25年）臺灣番界圖
資料來源：清乾隆中葉臺灣番界圖，1760年，中央研究院歷史語言研究所傅斯年圖書館典藏。

17世紀臺灣成為國際貿易轉運的節點，臺灣的鹿皮、中國的生絲、茶葉與印度的棉布、香料等商品交易繁盛。淸代臺灣農產品呈商業化趨勢，1860年開港通商，茶、糖、樟腦成為出口海外市場的主力商品。日治時期則被納入日本經濟圈，除形成米、糖的出口經濟結構，且受國策需求，而有臺灣拓殖株式會社經營臺灣島內，與在華南、南洋推展熱帶栽培業。戰後臺灣延續由農商轉工商之變遷，對外貿易發展仍深受國際環境與在地特性影響。

圖12：1902年12月日發行給泰益號之信件有關米穀配銷商況
資料來源：基隆日發書信，《長崎泰益號文書》（T1001），1902年，中研院臺史所檔案館數位典藏。

圖13：曹永和〈近世臺灣鹿皮貿易考〉手稿
資料來源：近世臺灣鹿皮貿易考手稿，《曹永和文書》，中研院臺史所檔案館數位典藏。

日治50年間臺灣歷經殖民地化與近代化之雙重洗禮，總督府以現代國家之治理手段，運用警察與保甲制度，將臺灣編入殖民統治架構，臺灣的人口與資源，陸續在精密的國土調查中成為管理計量之對象。1920年代，受世界民主自由思潮影響之新知識份子，掀起以臺灣為本位之民主化運動。海外跨境活動同樣被納入現代國家統治，人民在國家主權的保護傘下雄飛海外，在世界各地留存其生命史之足跡。

圖14：1915年西來庵事件首謀余清芳被捕後與日軍於噍吧哖支廳合影
資料來源：大正4年臺灣南部匪徒討伐警察隊記念，《吉岡喜三郎文書》（T0747），1915年，中研院臺史所檔案館數位典藏。

圖15：日治初期伊能嘉矩人類學調查之手稿
資料來源：伊能嘉矩臺灣調查手稿，《楊雲萍文書》（YP），中研院臺史所檔案館數位典藏。

16-18世紀間，漢人土地開墾由點而面，水利設施漸次興築。水圳改變灌溉區的環境與社會經濟，以及人群關係。日治時期殖民政府將水圳公有化，打破原有的社會關係。環境與健康的關係，同為探索人與自然互動之重要課題。日治以降臺灣進入近代醫療體制，個人衛生醫療成為國家行政監控與規範之領域，總督府藉由積極建立公衛和醫療制度防治傳染病。然而，疾病亦與殖產開發所造成的人為之惡有關，近年來極端氣候與新興疾病之流行，莫不促使人類反思，人與環境之互動關係是否需要重新調整。

圖16：1919年全臺爆發霍亂（虎列拉）流行病，日本殖民政府實施預防注射等防疫措施
資料來源：大正八年臺北廳下虎列拉流行概況，1919年，中研院臺史所檔案館數位典藏。

圖17：1930年代瘧疾感染路徑圖
資料來源：日本の寄生蟲と其病害，《臺灣總督府臺北高等學校圖書館藏書》（T1006），1930年，中研院臺史所檔案館數位典藏。