日本預料接收臺灣時會遭遇武力抵抗，在臺灣交割之前，即派遣北白川宮能久親王率領近衛師團，自5月29日於澳底登陸，一路由北至南挺進，6月初占領臺北，8月底八卦山激戰，10月和由布袋登陸的伏見宮貞愛親王第四旅團，以及自枋寮登陸的乃木希典第二師團，三路會合圍攻臺南，至11月18日臺灣總督樺山資紀宣佈全島已歸平定。日軍以武力接收臺灣之戰持續5個多月。 

1895年近衛師團於旅順東港搭乘薩摩丸
檔案來源：北白川宮家在臺行跡圖像，臺史所檔案館典藏

4月，近衛師團抵達遼東半島準備參與甲午戰爭，卻因清、日雙方簽訂和約，而取消原作戰計畫，留駐遼東半島。5月，改由旅順南下至臺灣。

1895年近衛師團登陸三貂角澳底灣
檔案來源：北白川宮家在臺行跡圖像，臺史所檔案館典藏

1895年4月，近衛師團抵達遼東半島準備參與甲午戰爭，因清、日雙方簽訂和約，5月底，改由旅順、大連乘船南下，登陸澳底。由於正值退潮之際，強烈西風向岸上吹拂，沙灘橫亙於前，日軍唯有跳入水中，才能涉水上岸，能久親王則於此紮營小憩。

1895年淡水河口運送清兵情景
檔案來源：《征臺軍凱旋紀念帖》（遠藤誠編，東京：裳華房書店、遠藤寫真館，1896年出版），臺灣歷史博物館典藏

6月18日，淡水已有3千多名士兵被送回清國，並預定於30日前全部遣返。根據統計，6月間從淡水遣送兵員共3千餘人，如包括有錢自行搭乘外國船回清國者在內，合計8千人。

貞愛親王照
檔案來源：《征臺軍凱旋紀念帖》（遠藤誠編，東京：裳華房書店、遠藤寫真館，1896年出版），臺灣歷史博物館典藏

1890年代的臺南鹽水八角樓
檔案來源：James Wheeler Davidson Family fonds, University of Calgary, Archives and Special Collections

第四旅團登陸後，沿海岸線南下，於急水溪遭遇民軍激烈抵抗。攻入鹽水後，貞愛親王將八角樓作為下榻處與指揮所。1942年，八角樓改為「伏見宮貞愛親王紀念館」，並於庭中豎立「伏見宮貞愛親王御遺跡鹽水港御舍營所」石碑紀念。

乃木希典照
檔案來源：《征臺軍凱旋紀念帖》（遠藤誠編，東京：裳華房書店、遠藤寫真館，1896年出版），臺灣歷史博物館典藏

1895年乃木師團入臺南城
檔案來源：《臺灣歷史畫帖》（臺南市歷史館編，臺南市：臺南市役所，1939年出版），人文社會科學聯合圖書館典藏

日軍三路合擊，牧師巴克禮與臺南士紳代表，於10月20日夜間赴日軍營區，乃木希典確認數人引導日軍進入臺灣府城的意願後，10月21日清晨率領第二師團進入府城。