有別於林復振商行由同一家族經營傳承的沿革歷史，乾元藥行百年來歷經數位經營者，而創立之年代，或曰1875年，或曰1896年，坊間說法莫衷一是。本文根據昭和4年（1929）1月21日臺灣日日新報第10329號第8版，有關「乾元藥行三十年開業記念披露」的報導內容，以1896年為該行創立之年代。據報載，乾元藥行曾於1929年1月19日設宴蓬萊閣，舉辦「開業三十周年紀念披露會」，席間經營者陳茂通致辭：

乾元藥行創始人為張清河，其1917年過世後，由股東陳茂通繼任經營。陳茂通因熱心公益，捐款賑災或資助社會事業的義舉屢見報導，且曾經擔任臺北本島人藥業組合長、藥郊聯合會會長，為大稻埕聞人之一。

自1917年到1936年，陳茂通執掌乾元藥行將近20年，與長崎泰益號有生意往來，曾向泰益號直接訂購中藥材，或向中國藥材商訂購貨品後，委託泰益號在日本內地報關納稅，再轉口運送到臺灣。1928年乾元藥行向香港協元順訂購13件藥材，便委請泰益號辦理完稅與轉運事宜，並特別囑咐泰益號，日後代辦香港、上海貨物轉口時，若有延緩，需先以書信通知，以免乾元藥行「望眼將穿」。另外，就乾元藥行信封上所印製的廣告宣傳，可見其販售的藥品包含：元丹、平安散、何首烏七寶丹、小兒肥兒丸、ブルトーゼ等項目。（圖3）其中ブルトーゼ是一種補血強健的營養劑，而平安散則專治霍亂時疫，昭和7年（1932）7月24日臺灣日日新報第11599號第4版曾報導乾元藥行寄贈平安散一千包，給當時發生流行疫病的廈門地區。

陳茂通病逝於1936年8月，此後乾元藥行歷經股東朱樹勳、陳福等不同的經營者，直到1960年陳金清富接手管理後，由其家族後人延續經營迄今。