東京都公文書館的設置是起源於明治35年（1902）東京市史編纂工作，至昭和43年（1968）整合「都政史料館」與總務局文書課部分功能，始正式設置的機構。其機構任務為系統性地蒐集、保存東京都檔案與機關出版品，並對外提供檔案閱覽服務，以及編纂東京都市史。

書陵部成立於1949年，延續經過整併的圖書寮(1884年設置)及諸陵寮(1886年設置)的機關職務，作為日本宮內廳負責管理皇室典籍、文書及陵寢的部門。書陵部下設圖書課、編修課、陵墓課，以及多摩、桃山、月輪、畝傍、古市五處陵墓監區事務所。

臺灣協會成立於1950年9月27日，組成人員主要係戰後由臺返回日本的日籍人士。該會旨在促進與臺灣關係者的情誼與交流，與台北駐日經濟文化代表處、日本財團法人交流協會，以及臺灣關係團體皆保持緊密聯繫，積極推動臺日間學術、文化之交流。同時，蒐藏臺灣關係重要圖書資料，並加以整理提供會員及一般研究者利用，亦是該會重要事業內容之一。臺灣文史資源海外徵集與國際合作計畫檔案文獻團隊於2008年5月首度拜訪該會，並於同年12月再度實地查看其典藏內容。透過數度的交流，雙方對於臺灣相關檔案文獻的應用推廣產生共識。直至2010年初，檔案文獻團隊所屬中研院臺史所正式與該會簽署合作備忘錄。

國立國文學研究資料館創立於昭和47年（1972），是大學共同利用機關法人—人間文化研究機構之一員。其組織依性質可分成管理部、情報事業中心，以及四大主題研究所（文學資源研究、文學形成研究、複合領域研究、檔案研究）三部份。機構主要目標為調查、收集日本文化資產，透過典藏整理及系統化建置，提供國內外學者利用，並舉辦如資料展、國際學術研討會、專題演講、文獻典藏管理研習等活動，以活化典藏應用性。

日本國立國會圖書館是提供日本國會議員調查研究，及以行政機關和日本國民為主要服務對象的圖書館，依據日本的出版物呈繳制度(納本制度)，該館為唯一收存國內全數出版物的法定呈繳圖書館。轄下組織除有「中央圖書館」之稱的東京本館和關西分館外，另有國際兒童圖書館和東洋文庫等「分支圖書館」，以及設立在各行政、司法機關內的26個圖書館。典藏中與臺灣具有較直接關聯性者，主要集中在東京本館的憲政資室。憲政資料室前身為設立於1949年9月的圖書課憲政資料蒐集係，於戰後有規模地展開政治家、官僚及軍人個人文書蒐集工作。該室典藏包含日本近現代政治史料、日本占領關係資料、日系移民關係資料。典藏檢索查找方式仍以紙本目錄為主，在網站所公開的典藏資訊只限典藏內容的概要。