東京都公文書館的設置是起源於明治35年（1902）東京市史編纂工作，至昭和43年（1968）整合「都政史料館」與總務局文書課部分功能，始正式設置的機構。其機構任務為系統性地蒐集、保存東京都檔案與機關出版品，並對外提供檔案閱覽服務，以及編纂東京都市史。

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〒105-0022東京都港區海岸1丁目13番17號

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東京都公文書館典藏之檔案大致可分為公文書、廳內刊行物、江戶‧明治期史料、地圖與其他資料。公文書來源主為今東京都及其前身東京府、東京市的公文檔案，東京府文書年代自1868年至1943年止，內容包含府會、府參事會、地方行政、勸業、學事、社寺、兵事、土木、施設營繕、地理關係等檔案；東京市文書形成時間介於1889年至1943年，檔案主要內容與市會、市參事會、震災復興、學事、河岸地、公園、墓地、土地關係等有關；1943年7月施行都制至今所產生的文書，皆屬於東京都文書的範圍，檔案內容包含條例立案、廳議、東京申辦2016年奧運會、土地等相關檔案等。廳內刊行物為東京都、東京府及東京市所刊行的行政出版物，年代始於1876年至今，內容包含東京都、府、市公報、東京市會決議錄、議事速記錄、事務報告書、統計書，以及各種調查報告書等。江戶‧明治期史料主要是編纂東京市史時所蒐集的江戶幕府、東京府、東京的歷史資料，約8,000冊。公文書館的地圖典藏為東京相關的地圖類資料，年代由江戶時代至今。其他資料則屬於寄贈或寄託予該館個人文書合集。典藏中與臺灣相關的公文檔案多達574件，分別散存於不同的檔案簿冊。
戰時東京受盟軍空襲，該館檔案雖被疏散至埼玉縣、澀谷等地，仍有近2萬冊檔案被焚毀；戰後(1946)駐日盟軍總司令部指示將剩餘的檔案自疏散地移回，該批檔案實體由都政史料館及東京公文書館的加以復原、整理，目前依檔案年代，分別典藏在該館檔案庫房。
1958年展開檔案轉製微捲的工作，至2003年部分較重要及利用頻率較高的微捲資料，如東京府市文書(1868-1943)、東京府、市、都公報(1889-2003)，則轉換成數位化形式，以光碟保存數位影像。自2005年起，該館閱覽室內設置單機版的資料庫系統檢索檔案目錄，提供讀者進行檢索與閱覽。