本館將館藏檔案結合中研院臺史所深厚之研究底蘊，建置「臺灣文獻叢刊資料庫」、「臺灣日記知識庫」及「臺灣總督府職員錄系統」、「臺灣文獻全文資料庫」等數位加值系統供各界使用。系統皆為免費開放，其內容與使用方式如下：

1. 臺灣文獻叢刊資料庫
   此系統收錄1957至1972年臺灣銀行經濟研究室編印出版之《臺灣文獻叢刊》，共計311種、全文約5,000萬字，提供全文檢索、電子書瀏覽等服務，歡迎各界利用。


2. 臺灣日記知識庫
   此系統以維基平台技術為基礎自行開發建置，收錄本館及相關單位出版之日記全文與註解內容。目前開放21種日記，累計篇幅達6萬5千篇，約計2千萬字，並持續新增中。本系統開放國內外人士憑有效電子郵件信箱申請帳號瀏覽。


3. 臺灣總督府職員錄系統
   此系統收錄日治時期1896-1944年臺灣總督府編印發行的職員名錄，上至總督、行政機關人員，下至地方單位雇員之任職資訊皆有記載，資料內容包括單位、姓名、官職、俸給、本籍、地址等，計95萬筆。主要功能包含組織瀏覽、名錄查詢與電子書瀏覽，歡迎多加使用。


4. 臺灣總督府旅券資料庫
   本系統收錄1897年至1942年間20萬餘筆島民出境申請紀錄，以及1926-1944年間近4千筆日本駐中國領事館之旅券紀錄，經內容加值與標準化資訊建置完成，為紀錄日治臺灣住民海外移動之一手史料。系統提供基本查詢、進階檢索、瀏覽、後分類、延伸查詢等功能，無需申請帳號即可連線使用。


5. 臺灣文獻全文資料庫
   本系統收錄既有「臺灣文獻叢刊資料庫」近5,000萬字的全文資料，並整合近年挖掘出的《臺灣新民報》相關報刊數位資料，包含新聞標題、作者以及頭條新聞、社說、散文作品、海外遊記等專欄全文，總計1,200多萬字，並將持續新增資料。