本所「臺灣史檔案資源系統」自2008年正式上線，累積豐富多元臺灣研究史料，依檔案來源有「個人文書」、「家族民間文書」和「機關團體檔案」等三類實體與數位館藏，已開放160多個全宗、40多萬件（其中數位典藏有1,000萬多幅數位影像。另一「臺灣研究古籍資料庫」，收錄臺灣總督府圖書館、南方資料館、戰後購藏日治舊籍書刊等3宗書刊數位典藏。
兩系統歷經多年營運，陸續修調介面和功能，為提升資料檢索和資安防護效能，2025年底完成系統改版設計，整併兩系統資料，新增「書刊與專題史料」，以收錄古籍書刊數位典藏，調整全宗瀏覽與限定查詢等功能，並推出全新的影像瀏覽介面，改善載入時間與線上閱覽便利性。
本系統已陸續轉置兩大系統詮釋資料與數位物件，並調整數位影像開放取用方式，無需再申請帳號，即可在本所網域內連線使用，歡迎舊雨新知蒞臨本所檔案館閱覽室搶先體驗，新系統預定明年（2027）第一季正式對外開放。
說明: 
本系統於2011年開放，收錄日治時期臺灣總督府歷年發行的職員名錄。主要係以《臺灣總督府職員錄》全文建檔與標準化著錄之數位加值系統，有助於查檢總督府轄下各單位的設立時間、人員沿革及變遷紀錄，並可作為輔助閱覽或解讀日治時期各種檔案之工具。目前開放自1896年至1944年，共約95萬筆名錄，包括單位、姓名、官職等、俸給、本籍、地址等職員任職資訊。主要功能有：瀏覽與查詢、電子書翻閱、名錄匯出與比較等。
說明:目錄及全文全面開放查詢，使用說明詳見操作手冊。
本系統自2021年開放，收錄1897年至1942年間20萬餘筆島民出境申請紀錄，以及1926-1944年間近4千筆日本駐中國領事館之旅券紀錄，經內容加值與標準化資訊建置完成，為紀錄日治臺灣住民海外移動之一手史料。
說明:本系統提供基本查詢、進階檢索、後分類、延伸查詢，以及分件和分年瀏覽旅券紀錄等功能，全面開放連線使用。若需查閱旅券檔案原始典藏，歡迎利用「臺灣史檔案資源系統」查詢〈臺灣總督府旅券下付及返納表〉全宗，於檔案館閱覽室開放時間到館調閱所需旅券典藏。