臺灣史檔案資源系統

本檔案典藏系統自2008年開放，收錄本館20多年來累積的臺灣民間文書、個人與家族檔案以及公私機構檔案的實體與數位館藏，類型除契書、帳冊、書信、公文 等文書外，還包括照片、明信片、地圖、寫真帖等圖像資料。目前開放超過130個全宗，合計12萬餘件，並持續新增中。

說明:本系統目錄全面開放查詢；實體館藏與數位典藏，採分級開放形式，分為：「線上閱覽列印」、「到館閱覽列印」與「到館閱覽抄錄」三個層級。「線上閱覽列印」層級數位影像，開放國內外人士憑有效電子郵件信箱申請帳號瀏覽，使用說明詳見操作手冊。

臺灣研究古籍資料庫

本資料庫自2004年開放，擇選重要舊籍加以數位化，收錄內容包含臺灣總督府圖書館、南方資料館及臺灣省圖書館購藏帝大教授藏書，並包含本所蒐藏與臺灣研究相關的舊籍文獻。目前累積收藏近4,000冊圖書、100多種期刊之數位成果，計有100萬餘頁數位影像。

說明:本系統目錄全面開放查詢；全文影像開放國內外人士憑有效電子郵件信箱申請帳號瀏覽，部分書籍提供電子書檔案下載，使用說明詳見操作手冊。

臺灣總督府公文類纂查詢系統

本系統自2002年開放，收錄中研院與國史館臺灣文獻館合作進行的日治時期「臺灣總督府公文類纂」數位典藏成果，內容為臺灣總督府的公文檔案，分為永久保存、十五年保存及少數的五年保存（大正後）、一年保存（昭和 17 至 19 年）文書，並包括臨時臺灣土地調查局、高等林野調查委員會、土木局、土木局公文類纂等。計有1.2萬餘卷冊、340萬頁數位影像。

說明:為確保數位資源的永續服務，已於2017年將資料轉入臺灣史檔案資源系統，歡迎讀者申請帳號瀏覽。原資料庫使用事宜請洽閱覽室。

臺灣日記知識庫

本知識庫自2009年開放，以wiki平台自行開發，收錄本館及相關單位出版的日記全文與註解內容。目前已開放林獻堂、黃旺成、呂赫若、田健治郎、楊基振、簡吉、張麗俊、吳新榮、三好德三郎、楊水心、籾山衣洲、邵毓麟、吳嵩慶、馬偕等14人日記，另有《熱蘭遮城日誌》中譯版之內容及《駐臺南日本兵一九〇四年日記》，收錄包含日記全文及註解內容，約有1千6百萬餘字，4萬6千餘條註解，且將會持續新增不同記主的日記。本系統提供時間序列瀏覽和全文檢索，查詢結果可進一步利用時間分類參照，顯示不同記主同一天日記的記載。

說明:本系統開放國內外人士憑有效電子郵件信箱申請帳號瀏覽，請詳見使用說明。

臺灣文獻叢刊資料庫

新改版「臺灣文獻叢刊資料庫」自2016年改版開放，所收錄者仍為1957至1972年臺灣銀行經濟研究室所編印出版之《臺灣文獻叢刊》，其內容涵蓋唐宋以降迄日治時期臺灣相關之官書與私家著述；另加上《臺灣文獻叢刊提要》及蔣毓英的《臺灣府志》，共計311種、近600冊，全文約近5,000萬字。

說明:目錄及全文全面開放查詢，使用說明詳見操作手冊。