本全宗原為日本東京都公文書館所藏戰前東京府與清國、臺灣相關之檔案，產生時間介於明治5年間(1872)至昭和11年(1936)，其中以明治年間檔案最多。東京都公文書館的設置是起源於1902年東京市史編纂工作，至1968年整合「都政史料館」與總務局文書課部分功能，始正式的機構設置。其機構任務為系統性地蒐集、保存東京都檔案與機關出版品，並對外提供檔案閱覽服務，以及編纂東京都市史。由於該館的機構任務與檔案整編策略，臺灣相關的檔案僅是其館藏的一部分，且散存於各種不同類別的檔案卷冊中。考量檔案的史料價值、數量與應用性，計畫團隊選擇徵集內容較為完整、主題明確之臺灣相關檔案，包括東京府外務掛編纂之《清國人管理錄》、東京府西多摩郡役所編纂之《明治廿七、八年戰役事務回議錄》(第八冊)、征清戰死者名簿，以及較為內容較為多樣的日治時期臺灣檔案。因此本全宗參考東京都公文書館的原編排方式及檔案內容的關聯性，分編成三個系列，即在日清國人籍牌關係書類、明治時期澎湖戰役關係書類，以及數量較少與內容多樣的臺灣關係檔案。總計本全宗共有3系列、11案卷、131單件、938頁。

日本東京都公文書館

檔案影本131件，共938頁。

2008年12月臺灣文史資源海外徵集與國際合作計畫檔案文獻團隊前往東京都公文書館，實地查看所藏戰前東京府檔案內容，確認與臺灣的關聯性及史料價值。透過影印重製方式取得臺灣相關檔案，並交由團隊所屬之臺史所檔案館典藏。

臺灣文史資源海外徵集與國際合作計畫(檔案文獻)

檔案已整理成「東京都公文書館藏清國與臺灣相關公文書」全宗，開放目錄於臺灣史檔案資源系統提供查詢檢索，並以影本方式於臺史所檔案館閱覽室提供閱覽服務。有關檔案典藏閱服務各項資訊，請詳見中研院臺史所檔案館網頁。