為響應各界對文史資源共享之期待，本館因應不同的資料類型，建置相應之資源系統，免費開放大眾使用。「臺灣史檔案資源系統」之數位影像分為三個層級開放：「線上閱覽」層級，可於登入帳號密碼後，線上瀏覽該批館藏的影像並自行列印，閱覽辦法請詳見「中央研究院臺灣史研究所檔案館館藏數位影像線上使用要點」；「到館閱覽」或「到館抄錄」層級之館藏，仍需您親自到館使用。
本館亦提供數位檔案授權服務，但因資料形態有別，採集協議，或因著作權法等相關規範限制，讀者如欲申請數位檔案，須填寫「數位檔案申請表」徵得本所同意。申請之注意事項如下：
- 審核時間約需3個工作天，申請案經審核通過後，酌收數位工本費，院內每幅50元，院外每幅100元。
- 申請數量以每次 20 張、每月 80 張為限。
- 本館典藏之資料僅供非營利與學術研究使用，限當次申請之名義及申請者使用，不得再重複使用、移為他用或轉讓他人使用。
- 讀者如引用本所之古文書、檔案、圖像等資料，應詳細註明出處為「中央研究院臺灣史研究所檔案館典藏」，所撰寫之論文、專著、報告等，需贈送本所一份。
- 讀者複製及應用本所資料，應遵守「著作權法」等相關法規，不得擅自重製、出版、銷售，如侵害著作權人權益，應自負法律責任。
另，「臺灣總督府公文類纂查詢系統」與「臺灣研究古籍資料庫」之數位內容，亦提供線上瀏覽服務，申請帳號即可免費使用。
- 臺灣總督府公文類纂查詢系統
此系統收錄中研院與國史館臺灣文獻館合作進行的日治時期「臺灣總督府公文類纂」數位典藏成果，計有1.2萬餘卷冊、340萬頁數位影像，考量原系統開發者不再更新軟體功能，為提供讀者更優質便利的使用環境，該批文書影像目前已全數匯入「臺灣史檔案資源系統」中，歡迎讀者申請帳號使用。
- 臺灣研究古籍資料庫
此資料庫收錄近4,000冊圖書、100多種期刊之數位內容，其來源為臺灣總督府圖書館、南方資料館及國立臺灣圖書館購藏帝大教授藏書。此系統目錄全面開放檢索，全文影像開放讀者憑有效電子郵件信箱申請帳號瀏覽，部分書籍並提供黑白掃描檔（PDF檔）下載。
