中央研究院臺灣史研究所(以下簡稱本所)為提升日治時期舊籍使用率，改善圖書典藏品質，於民國88年（1999）與國立臺灣圖書館(原國立中央圖書館臺灣分館)協議進行日治時期舊籍文獻合作典藏計畫，由本所將國立臺灣圖書館所藏之原「臺灣總督府圖書館藏書」、「南方資料館藏書」及戰後購自返日帝大教授藏書等三大批日治時期之舊籍文獻，運至中研院典藏、整編與開放閱覽。

此三大批日治時期舊籍文獻，歷經國立臺灣圖書館半個多世紀的典藏管理，以T1、T2、T3等特藏代碼，表示臺灣總督府圖書館藏書、南方資料館藏書、以及臺灣省圖書館購藏帝大教授藏書等三批館藏。臺灣總督府圖書館藏書與南方資料館藏書的索書號保留當時移交的分類標準，分別採用和漢分類法與南方資料館資料分類基準表，而戰後購藏帝大教授藏書則以中國圖書分類表的標準。本所自新店書庫搬運回院內典藏，回溯編目時維持原有分類號標準，依原有索書號分別典藏與排架。

本合作典藏之館藏目錄，已全數回溯編目建入「中研院圖書館館藏目錄」，除以作者、書名之關鍵字檢索外，亦可以分類號瀏覽各主題的館藏，查詢步驟是先選定『中國圖書分類號一欄』，鍵入『T1 590』，即可瀏覽臺灣總督府圖書館藏書中關於植民政策相關館藏。(但若要瀏覽南方資料館藏書，則需鍵入「T2 310」，因三批特藏代碼及其分類標準各異)。

現有合作典藏之舊籍文獻，由本所檔案館負責館藏管理與調閱服務。三批合作典藏的源起及館藏特色簡述如下。