湯姆生在臺的足跡主要集中在臺南地區，也是馬雅各醫生傳教、行醫的主要地區之一。馬雅各醫生比湯姆生早5-6年到臺灣進行宣教及行醫的工作，對於臺灣的事物較為熟悉。傳教初期，馬雅各因受到當地漢人的排斥，在臺南府進行得並不順利。在同時間，與同是蘇格蘭人的必麒麟（William Alexander Pickering/1840-1907）相遇。必麒麟在臺期間非常活躍，從參與處理海關稅務、臺灣樟腦交易、協助英美領事處理與臺灣衝突的事件，到時常進出原住民部落，都有他的蹤跡。也由於必麒麟的語言天賦以及涉略的人事物極廣，在馬雅各十分挫折的時候，帶著馬雅各醫生拜訪了幾處原住民的部落。這些原住民們視他們如自己的子民一般。這次行程的愉快經驗，除了為馬雅各醫生在傳教、行醫方面有了新的開展路線，也和原住民的朋友又拉近了一些距離。這應該是湯姆生來臺時，馬雅各帶著湯姆生再度拜訪他們的原因之一。