19世紀初，開始有漢人由宜蘭移居至花蓮地區開墾，原先市街所在的花蓮溪河口附近因海水倒灌而淹水，導致土地潮濕，聚落便漸漸的移往北部的美崙溪兩岸。這一帶在滿潮時，可以看見黑潮由南向北流，與美崙溪的流水碰撞的景觀，因此漢人開始稱這個港口為「洄瀾港」，而閩南語的「洄瀾」與「花蓮」的音相近，在清朝時期就開始被稱為「花蓮港」。這個地名到了日治時期仍繼續被使用。日治初期，花蓮隸屬於臺東縣，至1908年改名為「花蓮港街」，1920年9月根據律令第三號「臺灣州制」施行，行政區劃上廢廳置州，成為了五州三廳之一的「花蓮港廳」。後續在1940年施行市制時改為「花蓮港市」。

日本統治臺灣初期，臺灣總督府治理重心在西部，東部則以「理蕃事業」為重，東部的開發則委由賀田組、鹽水港製糖株式會社等私人企業進行開發。1899年日人賀田金三郎（1857-1922）成立「賀田組墾殖會社」，獲得總督府授權開墾花蓮港到臺東之間的原野土地，包含加禮宛（今新城鄉嘉里村、佳林村）、吳全城（今壽豐鄉志學村一帶）、馬黎馬憩原野（今鳳林鎮萬里橋一帶）、加路蘭（今豐濱鄉磯崎村）等地，共2萬町步（約19,822公頃）。

賀田組在此栽植甘蔗、薄荷、菸草等農作物，兼營製腦、畜牧及移民事業等。然而，其拓墾事業乃在挑戰原住民生存空間的情況下開展，因而衝突不斷，特別是採腦事業，1906年因太魯閣族與賀田組之間的採樟薪資糾紛，爆發「威里事件」，花蓮港支廳長大山十郎、幕僚及賀田組事務員等25名日本人遭太魯閣族馘首。賀田組的拓墾事業因此受挫，移民事業也陷入膠著，1909年賀田金三郎不得不將拓墾事業的經營權轉讓給鹽水港製糖會社。

圖1：吳全城的賀田組移民村家屋
從照片可見賀田組移民村的生活資源貧乏，後來因水土不服等因素，致使移民事業失敗。

資料來源：臺灣總督府官房文書課編，《臺灣寫真帖》，臺北：臺灣總督府官房文書課，1908年，圖版無頁碼，中研院臺史所臺灣研究古籍資料庫。

賀田組的移民事業失敗後，臺灣總督府於1910年起招募農業移民，在花蓮港廳設立第一個移民村「吉野村」，開啟官營移民事業。總督府推行移民事業，主因是日本本國人口壓力及農村貧困問題，而獎勵農業移民，再者是希望增加在臺灣的日本人口，以利殖民地統治，並藉此促進臺灣人的同化；同時在臺累積經驗，為未來前往熱帶地區發展預做準備。

吉野村的移民大多來自日本德島縣吉野川流域，因此取名「吉野」。儘管這些移民經過條件篩選，但不習慣臺灣高溫潮濕的環境，深受瘧疾、恙蟲病等疾病所苦，也需防範原住民、野獸之侵襲，颱風又造成慘重災情，加上灌溉設施不完善等種種問題，導致移民人數減少，開墾工作困難。後來經過總督府不斷改善農耕環境和醫療衛生，移民也逐漸學得栽培熱帶作物的技術，及適應移住地的氣候，到了1919年左右，移民村的經濟才逐漸好轉。

吉野村最初以米及甘蔗為主要作物，從1913年起試驗性地栽種黃色菸草，1930年以後普及於臺灣各地官營移民村，收成後製作成名為「紅茉莉」（Red Jasmine）的香菸，廣為流行。儘管田地面積小，但種植菸草所帶來的經濟效益十分可觀，因此菸草漸漸變成吉野村僅次米及甘蔗的重要作物。

圖2：花蓮港廳吉野村移民村

資料來源：遠藤寬哉編，《臺灣蕃族寫真帖》，臺北：遠藤寫真館，1912年，圖版無頁碼，中研院臺史所臺灣研究古籍資料庫。

1906年發生日人遭太魯閣族馘首的「威里事件」，造成賀田組的開墾受挫。同年甫上任的第五任臺灣總督佐久間左馬太（1844-1915），將理蕃視為施政重點，決定以武力鎮壓太魯閣族，派軍艦砲擊部落，並以隘勇線圍堵，仍招致反抗。1910年，總督府提出「五年理蕃計畫」，對太魯閣族等尚未降伏的「北蕃」，擬定軍警圍剿的軍事討伐計畫。為攻打太魯閣族，1913年起指派蕃務本署進行太魯閣周邊的山地探勘與地圖測繪，以掌握太魯閣地理環境，並計畫進軍路線，同時進行道路開鑿、架設電信設備、設置臨時病院及救護班等戰備工作。

1914年，總督府動員軍、警共六千多人，由陸軍將領出身的佐久間總督親率出征，分別由東、西兩側包圍太魯閣。由於太魯閣人之人數及武器處於劣勢，各社相繼被迫歸順，繳出槍械彈藥。7月，總頭目哈鹿閣那威（Holok-Naowi）率蕃丁繳械，8月，日軍舉行歸順式，象徵平定太魯閣。戰役結束之後，花蓮北部奇萊地區未再發生嚴重的原住民反抗動亂，使得各項產業得以順利發展。

圖3：1914太魯閣戰役日軍第二中隊於饅頭山所設置山砲及臼砲陣地，支援步兵聯隊作戰，進行掩護砲擊。

資料來源：臺灣寫真會編纂，《臺灣寫真帖　第貳集》（1914年12月），圖版無頁碼，中研院臺史所檔案館臺灣研究古籍資料庫。

圖4：1914年太魯閣戰役日軍於花蓮港登陸

資料來源：臺灣日日新報社編，《太魯閣蕃討伐寫真帖》，臺北市：臺灣日日新報社，1915年，圖版無頁碼，中研院臺史所臺灣研究古籍資料庫。