鼠疫（pest，又名ペスト、百斯篤、鳥鼠症）以黑死病之名席捲中世紀的西方，造成人口銳減，當時並不瞭解其病因，但已開始採取海港檢疫與隔離的方式。19世紀末細菌學發展後，始能確實診斷鼠疫之病原菌，即鼠疫桿菌；感染鼠疫的病徵包含頭痛、發冷、發燒、疲倦，以及局部淋巴腺炎等。1894年中國廣州、香港等地鼠疫盛行；1896年4月，總督府有鑑於臺灣與對岸船隻往來頻繁，鼠疫會趁隙傳入，故制定暫行船舶檢疫手續，通令地方針對來自中國廣州、福州、廈門、寧波、上海等五個口岸實行檢疫。

1896年5月，臺南安平、臺南街市出現鼠疫患者，之後蔓延至臺北、臺中，三個臺灣北、中、南的鼠疫流行系統，成為爾後20餘年臺灣各地鼠疫蔓延的源頭。鼠疫疫情在臺灣出現後，臺灣總督府成立「臨時鼠疫預防委員會」，審議防疫監督事宜，並指示地方官廳依傳染病預防規則處理。縣廳警察課設置臨時檢疫部、分署設置支部，檢疫委員由警察與醫師等組成，實施戶口調查，若發現患者立即送往隔離醫院，並增設隔離所和檢疫人員。此外，禁止患者家戶往來，限七日不許出入。各公共場所也施行檢疫，患者家戶消毒處理和一般住家市街厲行環境清潔。但鼠疫患者仍不斷出現。

當時是細菌學的黃金年代，各國專家競相試圖發現鼠疫菌。1896年12月，東京帝國大學細菌學權威、衛生學講座教授緒方正規應總督府之邀抵臺調查，他在患者身上驗出鼠疫桿菌，驗證了法國巴斯德研究所專家於香港的發現；他的檢驗斃鼠與相關動物實驗也證實了當時的學說：細菌是經由老鼠身上的跳蚤傳染給人，故據此建議防疫上應施行環境清潔、燒毀鼠類、患者被物消毒處理等。1898年5月，陸續有相關專家來臺深入鼠疫流行區調查，提出血清治療、注重家屋光線與空氣流通，以及拆除鼠疫病毒固著之住屋等預防方法。總督府以調查的結果建立流行病學的基本資料，針對鼠疫起源、蔓延概況、病因等詳加描述，以此掌握鼠疫流行系統、流行趨勢及其季節變動等資訊。

1900年總督府公布「臺灣家屋建築規則」和「臺灣污物掃除規則」，目的在進行市區環境控制，改善市區環境衛生。同年，臺南府立醫院醫師兼縣技師築山揆一主持鼠疫血清疫苗預防接種計畫，自1900年8月23日至1901年7月4日，在臺南市、嘉義街、樸子腳街等主要流行地，針對官衙、機關團體人員及以患者為中心之周圍住戶，共有2萬5千餘人施行預防接種，頗具成效。1902年，總督府展開以撲滅鼠類為主的防疫工作，以強制與懸賞的方式驅使地方執行捕鼠大作戰；輔以加強海港檢疫、患者適當隔離、鼠疫血清疫苗注射、宣導個人衛生教育等防治措施。

1907年，總督府公布設立衛生專務巡查，派遣至疫病流行地，執行臨時鼠疫防治，職務內容為講習傳染病預防法、全天候執行戶口調查，一發現疫病即遣醫師診察。1908年，發布「臺灣鼠疫預防組合規則」，在日人或臺、日人雜居之鼠疫流行區，設置仿照保甲組織之強制性團體—鼠疫預防組合，組合員需迅速通報斃鼠與菌鼠、遵從指示消毒；住宅防鼠與厲行除鼠等。經由多方防疫措施所建立的防疫體系，終讓1896年進入臺灣的鼠疫，於1918年得以全然控制。這場在臺灣進行長達22年的「人鼠大戰」，造成患者總數3萬1百餘名，死者2萬4千餘名，死亡率80％。

圖9：1897年泉州義記蔡敦波所寄家書

1897年5月29日，鹿港郊商謙和號許家之婿蔡敦波，於家書中提及所處之泉州因流行鼠疫，導致乏工織布，故無布料可供貨。家書寄出沒有多久，鹿港也成為中部病毒擴散的新核心。（圖9，〈鹿港郊商許志湖家族文書〉，影像號：T0366D0302_01_0019-001）

圖10：1899年臺灣海港檢疫施行規則

1897年起，總督府為完備海港檢疫設施，陸續在基隆、淡水設檢疫所；1899年8月發布臺灣海港檢疫規則、施行規則。至此，臺灣海港檢疫漸趨完備。其中，施行規則的內容載明施行檢疫之傳染病為霍亂、天花、猩紅熱、鼠疫、黃熱病等；接受檢疫的停船期間，由消毒法施行完畢之時起算，鼠疫為7日，霍亂、黃熱病5日；傳染病及有嫌疑之患者，得令其進入海港檢疫所隔離室，若警察官吏認定其難以回航檢疫海港，得收容於指定場所等。（圖10，〈臺灣總督府公文類纂〉，影像號：000004260220253、000004260220254）

圖11：捕鼠法和捕鼠器

圖12：鳳山廳告示第二八號捕鼠獎勵懸賞法

1902年起，臺灣各地陸續公布捕鼠措施，若有捕獲鼠類或發現斃鼠，需送交防疫部或警所，違者拘禁或罰金。接著又以懸賞收購鼠類，凡交出一隻即賞給5錢，並給予懸賞券一張，賞券累積至千號再行抽籤給獎，獎項分六等，賞金不一。（圖11，《科學の臺灣》，影像號：C0026_19420901_0010-0001、C0026_19420901_0011_a01-0001；圖12，〈臺灣總督府公文類纂〉，影像號：000007410690286）

                     

圖13：駐臺南日本兵1904年日記

1904年臺灣守備步兵第十一大隊駐守臺南的軍曹，在日記中記錄多筆臺南｢鳥鼠症流行真嚴重｣的情況。4月6日的日記記錄｢因為鳥鼠病猶在流行，今仔日旅團本部發出下士以下禁止外出的命令。｣；4月19日記錄：｢回程途中遇著鳥鼠症的患者，近來患者真濟，今仔日猶有十四名新患者，佇安平街道發生較濟，大部份是本島人。｣；4月21日記錄｢根據今仔日的報紙記載，十九日為止，鳥鼠症的新患者十八名中間有十四名死亡。自病症發生以來總共有兩百十六名患者，其中有一百四十五名死亡，現在猶有患者七十一名。｣（圖13，〈駐臺南日本兵1904年日記〉，影像號：T1039_03-0105、T1039_03-0119、T1039_03-0121）

圖14：1906年水竹居主人日記

1905年，總督府正式公布「大清潔法施行規程」，規定由地方廳長每年春、秋兩季公布大清潔施行日期、地點與施行重點，保正需帶領巡察、警吏至各家戶徹底檢查。1906年5月10日，任臺中豐原下南坑第一保保正的張麗俊（保正任期1899至1918年），在日記中記錄此清潔活動：「遇巡查橋口重章、池田喜三郎及羅運明、李王塗欲來當庄行清潔法，遂率他挨戶查閱，近十二時率歸午飯。午後三時餘仍到各處巡視，至五時既濟。此次之掃除也，各戶十分注意內外七分清潔，故不滿一日之間，而週視既完矣，又並往墩，是日上四人池田喜三郎及羅運明二人往第二保巡視焉。」（圖14，〈張麗俊文書〉，影像號：LJ01_00_01_0028）

圖15：臺北州警察衛生展覽會流行病預防宣導內容

1925年，臺北州（今臺北、新北、基隆、宜蘭地區）警務部舉辦為期5天的「警察衛生展覽會」。除了宣揚1916年撲滅鼠疫的成果之外，還包含以新鮮的空氣與日光、適當的運動、清潔的維持、營養均衡等作為個人衛生宣導、流行疾病預防的教育內容。（圖15，《臺北州警察衛生展覽會寫真帖》，影像號：T0156P0011-0107-000、T0156P0011-0158-000）