「顯然是萬能的神，因我們的犯罪，要用一個接著一個而來的很多可怕的災難，對我們顯示祂公義的處罰，不過我們對祂會再施下祂的憐憫仍然充滿希望。」

1654年7月21日《熱蘭遮城日誌》

1624至1662年屬荷蘭治理臺灣時期，代表荷蘭政府出兵和建立殖民地的「荷屬東印度公司」，在今臺南安平區建造熱蘭遮城（Zeelandia）作為貿易根據地。東印度公司為確實掌握殖民地，要求各分據點逐日記載殖民地大小事件，經巴達維亞轉送回荷蘭，這些以荷蘭文撰寫而成的紀錄，其中與臺灣相關的史料，現稱《熱蘭遮城日誌》。其中，1629至1662年的日誌內容中有多筆臺灣各地與原住民部落發生熱病、天花、腹瀉等疫病與病徵紀錄。如1654年7月21日的日誌記錄「在大員和赤崁，熱病（hete koortsen）猖獗，以致日常有很多人死亡，甚至從那新造的普羅岷西亞城堡，光是今天就有六個士兵，病得很嚴重地被送來此地的醫院。」

明清臺灣地方志書多將本地風土環境描述為充斥「瘴氣」、「瘴癘」，並視其為導致疾病盛行的原因。1697年，郁永河由福建來臺採硫磺，他由府城（臺南）北上前，府城的官員和友人對他說：「君不聞雞籠、淡水水土之惡乎？人至即病，病輒死。」他帶上朋友贈送的「丸散藥及解毒辟癘諸方」北上，到達淡水後沒幾天就體悟了「瘴癘」之苦。1874年，日本政府因牡丹社事件出兵近6千人征臺，卻爆發「臺灣熱」流行。在日軍駐臺的兩百餘天中，因戰事死亡的只有8人，卻有3百餘名因病死亡，當時造成最多的死因「弛張熱」，即為今人稱之的瘧疾。回應日本出兵，清廷後續決定採取「開山撫番」政策，致力開發臺灣東部。在開山的過程中，許多人因「積勞染瘴」而死。1884年10月，清法之役中登陸基隆的法軍近1千9百名，因染病死傷嚴重。至1885年1月，能夠戰鬥的兵力降到不足1千人。

1895年5月，日本派兵以武力接收臺灣的過程中，「熱病」也如野火蔓延至整個軍隊；連帶領近衛師團來臺的北白川宮能久親王，都在接收過程中染疫身亡。至12月為止，3萬1千餘名病者中有4千6百餘名死於疫病。日本政府除了致力於加強軍隊內部的疾病控制外，尚未著手臺灣的衛生治理。日本史學評論家、政治家竹越與三郎，在其宣揚殖民政績的著作《臺灣統治志》（1905年出版）中，描寫臺灣衛生境況時，提到日人在臺患病的高死亡率，以及部分適應不良返國之日人多感嘆臺灣衛生環境不佳，將臺灣視為「鬼界之島」。

圖1-1：澎湖孤拔將軍之墓（右）
圖1-2：千人塚（左）

1885年清法之役時，法國遠東艦隊司令孤拔率軍攻打澎湖，其於占領馬公城後不久，與眾多士兵患病而亡，遂立孤拔衣冠塚與部屬等墓碑。1895年4月，中日馬關條約簽訂前，日本已先行派兵攻佔澎湖。日軍進占澎湖之際，氣候已逐漸炎熱，飲水又缺乏，遂引發傳染病肆起。歿者約9百餘人，合葬於「千人塚」。（圖1-1，〈費邁克集藏〉，影像號：T0203P0022_01_1527-001；圖1-2，《臺灣寫真帖》，影像號：A0166_00_00_0090_a01-0001）

圖2 三好德三郎回憶錄中渡臺初期的社會情況

茶商三好德三郎於1899年4月初來臺時，除了鼠疫、瘧疾大流行，還需面臨強風豪雨，電報通信設備不足、無電燈可使用。在攝氏32.2度的炎熱時分，「店舖裡掛著許多大型煤油燈，大家就在這種煤油燈熱與氣候熱交相進逼下做生意。當時的臺灣還真是不叫人喜歡。然而如果未感受過當時的這種氣氛，我想也就不能理解真正的臺灣氣氛。」（圖2，〈三好德三郎文書〉，影像號：T0875_0003-0024）