蒐集、典藏與應用臺灣史料，為本所自田野研究室時代起至今持續不變的目標與責任。在熱心民眾的捐贈、提供，研究人員的採集及本所購藏之下，庋藏日益豐富。

1. 楊延齡家族檔案 (楊宗德捐贈)
2. 臺南文峰茶莊陳家文書 (陳文雄提供)
3. 陳作霖檔案 (許雪姬採集)
4. 福建省龍溪縣土地文書：民國部分 (本所購藏)
5. 福建地區土地文書：清代部分 (本所購藏)
6. 桃園、新竹及彰化等地區土地文書 (本所購藏)
7. 新竹縣新埔鎮姜豐帳簿 (本所購藏)
8. 台中神岡筱雲山莊呂家照片 (郭双富提供)
9. 佛、道、齋教經文與善書 (郭双富提供)
10. 霧峰林家林鶴年文書 (施純明捐贈)
11. 鹿港施性鑫文書 (施純明捐贈)
12. 嘉義劉傳來文書 (施純明捐贈)
13. 大甲杜香國文書 (施純明捐贈)
14. 鹿港丁瑞彬文書 (施純明捐贈)
15. 鹿港辜家文書 (施純明捐贈)
16. 新竹益順商會鍾傳福文書 (施純明捐贈)
17. 台中清水蔡蓮舫家族檔案 (許雪姬採集)
18. 臺南佳里林先進家族文書 (林俊霖、南瀛文化中心溫盛智採集)
19. 臺中梧棲黃交黎家族文書 (李鎧揚採集)
20. 桃園八德邱陳錦文書 (劉淑芬捐贈)
21. 新竹黃旺成文書 (黃光宇提供)
22. 板橋林家、清水蔡家聯姻照片 (許雪姬採集)
23. 臺中梧棲黃交黎家族照片 (李鎧揚採集)
24. 二二八事件相關史料 (本所購藏)