本所「臺灣史檔案資源系統」自2008年正式上線，累積豐富多元臺灣研究史料，依檔案來源有「個人文書」、「家族民間文書」和「機關團體檔案」等三類實體與數位館藏，已開放160多個全宗、40多萬件（其中數位典藏有1,000萬多幅數位影像。另一「臺灣研究古籍資料庫」，收錄臺灣總督府圖書館、南方資料館、戰後購藏日治舊籍書刊等3宗書刊數位典藏。

兩系統歷經多年營運，陸續修調介面和功能，為提升資料檢索和資安防護效能，去年底完成系統改版設計，整併兩系統資料，新增「書刊與專題史料」，以收錄古籍書刊數位典藏，調整全宗瀏覽與限定查詢等功能，並推出全新的影像瀏覽介面，改善載入時間與線上閱覽便利性。

新版系統「臺灣檔案典藏系統」，已陸續轉置兩大系統詮釋資料與數位物件，並調整數位影像開放取用方式，無需再申請帳號，即可在本所網域內連線使用，歡迎舊雨新知蒞臨本所檔案館閱覽室搶先體驗，新系統預定明年（2027）第一季正式對外開放。