個人文書集藏
●〈馬偕文書〉（T1015）
●〈費邁克集藏〉（3MHF）
●〈張麗俊文書〉（3CLJ）
●〈林玉雕文書〉（T0689）
●〈田健治郎文書〉（T0818）
●〈三好德三郎文書〉（T0875）
●〈吉岡喜三郎文書〉（T0747）
●〈黃旺成與黃繼圖文書〉（T0765）

家族民間文書
●〈鹿港郊商許志湖家族文書〉（T0366）

機關團體文書
●〈臺灣總督府公文類纂〉（T0797）
●〈臺灣總督府專賣局公文類纂〉（TMB）
●〈日治時期臺灣醫學與商業教育學校畢業紀念冊〉（T0744）
●〈臺灣總督府國語講習所家庭科與修身科掛圖〉（T0321）
●《臺北州警察衛生展覽會寫真帖》（T0156）
●〈大正八年臺北廳下虎列拉流行概況〉（T0146）
●〈臺灣守備步兵第十一大隊相關檔案〉（T1039）

舊籍文獻典藏
●《臺灣寫真帖》（A0166）
●《科學の臺灣》（C0026）
●《臺灣寫真帖》（C0032）
●《臺灣總督府硏究所報告》（C0069）